پروفسور محمد قلي شمس فرزند دكتر يحيي شمس ملقب به لسان الحكماء، در 5 ربيع الاول سال 1323 هـ.ق برابر با 1283 هـ.ش در شهر تهران چشم به جهان گشود و در دامان خانواده‌هاي اصيل و تحصيل كرده از تبار بزرگان ايران پرورش يافت.


پرفسور شمس از دوران کودکي به حرفهپزشکي عشق مي‌ورزيد و صبح هاي جمعه پدر را هنگام ملاقات بيماران همراهي مي‌کرد. ويپس از اتمام تحصيلات ابتدايي و متوسطه  در مدرسه سن‌لولين تهران تحصيلات پزشکي رادر مدرسه دارالفنون آغاز کرد. سپس در سال 1923 ميلادي عازم کشور فرانسه شد و دردانشکده پزشکي نظام شهر ليون پذيرفته شد و ضمن ادامه تحصيل در رشته پزشکي به درجهافسري نيز نايل شد.
در سال 1927 م دورة اول اگرگاسيون (aggregation) را آغاز نمود و در سال 1929 م موفق به گذراندن دورة دوم كنكور اگرگاسيون گرديد. سپس در بيمارستان وال دوگراس پاريس كه يك بيمارستان آموزشي بود مشغول به كار شد و پس از گذشت يك سال به تدريس پرداخت. در سال 1931 ميلادي از طرف مرحوم اعتمادالدوله قره‌گزلو وزيرمعارف وقت براي معالجه بيماران به ايران دعوت شد.
نخستين اقدام پروفسور شمس در ايران، دستور برپايي بخش چشم پزشكي ارتش در خيابان حافظ نزديك چهارراه عزيزخان و سپس راه اندازي بخش چشم پزشكي مدارس در قسمتي از ساختمان مدرسه دارالفنون بود.
 او جهت مبارزه با بيماري تراخم درجنوب ايران در انجمن چشم پزشکي جهان تقاضاي تعدادي پزشک کرد و به اين ترتيب وي بههمراه پزشکان اتريشي و ايراني به درمان بيماران پرداخت. با تلاش اين تيم پزشکيبيماري تراخم در مناطق جنوبي ايران تقريبا ريشه کن شد.
با راه اندازي بيمارستانفارابي، انجام عمل جراحي چشم براي آموزش دانشجويان به اين بيمارستان منتقل شد. بيمارستان فارابي شامل 2 درمانگاه، 1 اطاق عمل و 25 عدد تخت بود.بيمارستان فارابي در طول خدمت پرفسور از لحاظ چشم پزشکي در سطح بالايي قرار داشتوبه دفعات مورد بازديد اساتيد و چشم پزشکان برجسته جهاني قرار گرفت.
پروفسور شمس و همكارانش در سال 1326 هـ. ش افتخار يافتند انجمن چشم پزشكي ايران را به طور رسمي دائر كنند. در سال 1333 هـ. ش انجمن چشم پزشكي ايران رسماً عضويت انجمن بين المللي چشم پزشكي پذيرفته شد.
در سال 1347 هـ. ش مجله انجمن چشم پزشكي ايران به مديريت و صاحب امتيازي پروفسور شمس براي اولين بار در ايران تأسيس شد. اين نشريه هر سه ماه يكبار انتشار مي‌يافت. پس از انقلاب اسلامي نيز مجله چشم پزشكي ايران با مسووليت ايشان منتشر مي‌شد.
اولين عمل پيوند قرنيه ايران در سال 1313 توسط او در بيمارستان فارابي انجام شد درآن زمان مرحوم پرفسور شمس هنوز رياست اين بيمارستان را به عهده نداشت و مثل بسيارياز پيشگامان عرصه علم از جرات و شهامت بسياري برخوردار بوده و تمام تلاش خود راانجام داد تا بتواند اولين عمل پيوند قرنيه را در کشور به ثبت برساند.
همچنين پيوند صلبيه و پيوند توأم صلبيه و قرنيه، درمان تراخم چشم با روش دياترموكواگولاسيون، درمان فشار شريان شبكيه با روش افتالمودينامومتري از ديگر افتخارات ايشان است.
اين دانشمند و محقق بزرگ ايراني در طول حيات پربار خود تعداد بسياري متخصص چشم پزشكي را كه بعدها در هيات علمي دانشكده پزشكي و يا در موسسات مختلف چشم پزشكي مشغول به كار شدند آموزش داده و در عين حال از مطالعات علمي خويش نيز غافل نبود.
پرفسور هرمزشمس، پسر پروفسور شمس پشتکار ،‌جديت و نظم را اصلي ترين علل ترقي پدر خود مي‌داند ومي‌گويد پرفسور شمس هميشه درمان بيماران، آموزش به دانشجويان و اعتلاي علم چشمپزشکي را مقدم به زندگي و حتي خانواده خود مي‌دانست. او هيچگاه نااميد نمي‌شد و تارسيدن به موفقيت دست از تلاش برنمي‌داشت.
اسطورهتاريخ چشم پزشکي ايران در آخرين سخنراني خود در سيماي جمهوري اسلامي ايران گفت: زماني که به وطن بازگشتم فقط چند چشم پزشک در ايران بود اما حالا که نگاه مي کنم وصدها چشم پزشک جوان و علاقمند که اکثرا شاگردانم بوده اند را در اين زمينه بهفعاليت علمي و درماني مشغول مي‌بينم احساس مي‌کنم بهترين عمر و زندگي را داشته اماما سرانجام پرفسور محمد قلي شمس پس از 65 سال تحقيق پژوهشي و خدمت به مردم در بيستو سوم شهريور ماه سال 1375 در سن 92 سالگي با کوله باري از علم و معنويت چشم ازجهان فرو بست.